急慢性肺脓肿、肺炎、支气管感染性疾病等由于血-支气管屏障、组织包裹、脓液的理化性质等因素，常造成全身用药疗效不佳。经支气管镜引流及给药可使局部药物浓度增高。一般将支气管镜插入定向肺段、肺叶支气管内，先充分吸引痰液，然后用少量生理盐水冲洗，将冲洗液抽吸干净后，注入含有敏感、无刺激呼吸道作用的抗生素。总灌洗量不宜超过100ml。如病情危重应限制操作时间在15分钟内，可不进行冲洗。

慢性阻塞性肺疾病（COPD）伴呼吸衰竭的患者或其他危重患者常因粘稠的痰液或血块阻塞较大气道，造成段、叶或一侧肺不张，此时患者的病情往往急性加重并可危及生命。当采用刺激咳嗽、深呼吸运动、拍背及体位引流等措施后仍无效时，可使用支气管镜进行抽吸及灌洗可有效地解除肺不张从而挽救患者的生命。有些患者，如肋骨骨折、血胸、气胸及手术后等患者，不能用拍背等方法刺激咳嗽，而支气管镜成为解除肺不张的唯一有效工具。一般经支气管镜吸引及冲洗后，大多数肺不张可得到解除。